Проведен филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей спейсеров хлоропластной рДНК (cpITS2-4) у 14 видов печеночников, 4 видов антоцеротовых, 20 видов мхов, 7 видов плауновидных и 2 видов харовых водорослей. Согласно топологии филогенетических деревьев, реконструированных методами максимального правдоподобия, ближайшего связывания и максимальной экономии, мохообразные не монофилетичны. На кладограммах среди наземных растений первыми отделяются ветви, ведущие к печеночникам. Мхи предстают как монофилетическая группа, сестринская к кладе, объединяющей плауновидные и антоцеротовые. В нуклеотидной последовательности cpITS3 у мхов обнаружена протяженная делеция, отсутствующая у остальных наземных растений, включая Takakia.