Систематические положение монотипного рода Habrodon трактовалась разными исследователся крайне неоднозначно – его относили к Habrodontaceae, Fabroniaceae, Myriniaceae, Leskeaceae и Pterigynandraceae. Анализ нуклеотидных последовательностей хлоропластной ДНК (участок trnL-F) и ядерной ДНК (ITS1, ITS2) выявил отсутствие родства Habrodon с Leskea и Myrinia, и подтвердил определенную близость Habrodon c Plagiotheciaceae (в широком смысле, cf. Hedenas, 1987; Pedersen & Hedenas, 2002) и Fabronia, и в некоторых вариантах анализа – также с Pterigynandrum. Обосновывается предпочтительность выделения рода в самостоятельное семейство (что было предложено еще Шимпером). Данные молекулярного анализа подтверждают правильность выделения из Habrodon рода Iwatsukiella, но не подтверждают монофилетичности семейства Leskeaceae, объем которого заслуживает серьезного пересмотра. Также, не близкими оказываются представители всех пяти родов, относимых Buck & Goffinet (2000) к Pterigynandraceae (i. e. Habrodon, Myurella, Heterocladium, Iwatsukiella, и Pterigynandrum). Обсуждается связь топологии деревьев, полученных на основе молекулярных данных, с некоторыми морфологическими признаками – при этом подтверждается важность признаков ювенильных листьев в основании зачатков веточек. Также для Habrodon и ближайших членов парафилетической грады характерно наличие пазушных выводковых тел из 3-6 клеток, расположенных в один ряд, которые известны в порядке Hypnales только у этих групп.