Шанкер А. Поиск простых нуклеотидных повторов в хлоропластном геноме Marchantia polymorpha с помощью компьютерной программы

Arctoa (2014) 23: 145-149

doi: 10.15298/arctoa.23.12

Простые нуклеотидные повторы (SSRs), или микросателлиты, встречающиеся в последовательностях ДНК, состоят из коротких повторов из 1-6 нуклеотидов. Они важны для разработки молекулярных маркеров для филогенетических, популяционно-генетических и эволюционных исследований. Представленный анализ проведен с целью определения хлоропластных SSR Marchantia polymorpha. Использован хлоропластный геном M. polymorpha из ГенБанка и в нем проведен поиск с помощью оригинального скрипта MISA на языке Perl. Выявлено 66 SSR маркеров в последовательности длиной 121024 bp; таким образом, имеется 1 SSR повтор на 1.83 kbp. Длина SSR повторов варьирует от 12 до 17 bp для моно-, 12 до 64 bp для ди-, 12 до 21 bp для три-, 12 до 24 bp для тетра-, 15 bp для пента- и 18 bp для гекса-нуклеотидных повторов. Мононуклеотидные повторы наиболее часты (42.42%), реже встречаются ди- (25.76%) и тетра- нуклеотидные повторы (21.21%). Праймеры успешно разработаны для 45 (68.18%) SSR маркеров.